Может ли одна организация подать заявку по нескольким темам?

Да, может. Правилами не регламентировано ограничение по количеству заявок от одной организации. В связи с этим, одна организация может принять участие в конкурсе по одной и более темам, в зависимости от направлений, утвержденных уставом НПО.